Dwudziestojednoletnia Lara udaje się na wyspę Yamatai by rozwikłać tajemnicę grobowca cesarzowej Himiko. Podczas wyprawy musi stawić czoła zasadzkom i pułapkom.
Będąca potomkiem Jezusa Chrystusa kobieta otrzymuje zadanie: ma ochraniać ludzkość przed dwoma upadłymi aniołami, które próbują wrócić za wszelką cenę do Nieba.